MapServer à la base ne produit qu'un fichier image contenant une carte, selon une "recette" contenue dans un fichier mapfile, qui va chercher des données et les assemble pour former une carte.
MapServer possède un mode d'utilisation qui permet de réaliser des requêtes sur les données affichées, et de recevoir en retour une liste de résultats correspondant à l'endroit cliqué. C'est ce que l'on appelle le mode QUERY.
MapServer peut générer des images par un simple appel à l'éxécutable CGI dans l'URL (la barre d'adresse) d'un navigateur Internet. C'est un moyen rapide de générer des images, et on peut l'utiliser comme valeur du paramètre "source" d'un tag HTML <img> pour inclure facilement une carte MapServer dans une page web.